Autor Thema: Vor-Ort-Sequenzierung im Gelände - nichts ist mehr unmöglich  (Gelesen 62 mal)

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Offline Christoph

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Vor-Ort-Sequenzierung im Gelände - nichts ist mehr unmöglich
« Antwort #1 am: 18. Mai 2019, 11:44 »
Servus beinand,

man könnte meinen, es wäre der erste April, wenn ich schreibe, dass es mittlerweile einen Minisequenzierer gibt, mit dem man direkt vor Ort sequenzieren kann. Ganz so einfach, wie man es sich denkt, ist es zwar nicht (man braucht die richtigen Primer und man muss ein bisserl pipettieren - der Tricorder von Star Trek wurde noch nicht erschaffen), aber es geht offenbar.

Dieses paper zeigt, dass man im Regenwald direkt vor Ort Reptilien über Sequenzierung bestimmen kann:

Aaron Pomerantz, Nicolás Pen ̃afiel, Alejandro Arteaga, Lucas Bustamante, Frank Pichardo, Luis A. Coloma, César L. Barrio-Amorós, David Salazar-Valenzuela and Stefan Prost (2018): Real-time DNA barcoding in a rainforest using nanopore sequencing: opportunities for rapid biodiversity assessments and local capacity building. GigaScience 7: 1–14.

Das paper ist frei als pdf verfügbar:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5905381/pdf/giy033.pdf

Den Sequenzierer kann man auch kaufen - ich frage aber lieber nicht nach dem Preis - ich hab eben nochmal nachgesehen: kostet ca. 1000 $, ist also sogar im Bereich dessen, was man sich als Amateur leisten kann (ein gutes Mikroskop kostet ja auch um den Dreh); natürlich hätte man nur die Rohsequenz, kein Alignment usw., aber es ist im Bereich des Möglichen): https://vimeo.com/237911682

Irgendwann wird das aber zur Standardausrüstung eines Mykologen gehören. Die Zeiten ändern sich...

Liebe Grüße,
Christoph
« Letzte Änderung: 18. Mai 2019, 12:23 von Christoph »
Argentum atque aurum facile est laenamque togamque mittere, boletos mittere difficile est
(Silber und Gold, Mantel und Toga kann man leicht verschenken, schwer ist es aber, auf Pilze zu verzichten - Spruch von Martial)